Le territoire de Lubero est accessible par voie routière et voie navigable. Par voie routière, la route nationale n° 4 quitte la ville de Butembo, traverse le territoire de Lubero vers le territoire de Rutshuru. Cette Route Nationale n°4 en terre a une longueur de 175 km dont 9 km en bon état, 95 km en moyenne état et 71 km en mauvais état. La majorité des routes de desserte agricole au niveau du territoire est dans un état de délabrement avancé, ce qui fait que beaucoup de villages soient enclavés et causant la hausse du prix de denrées alimentaires.
Son accessibilité par voie navigable est à travers le Lac Edouard qui est la limite entre la République Démocratique du Congo et l’Ouganda. La partie au bord du lac Edouard appelée Graben a quelques petits ports pour les pirogues dont Kisaka qui sert le territoire de Lubero. Les pirogues quittent le territoire de Rutshuru vers Kisaka (petit port pour les pirogues en territoire de Lubero) et d’autres quittent Kyavinyonge en territoire de Beni vers Kisaka à Lubero.
La ville de Butembo fut une ancienne cité du territoire de Lubero qui le servait en termes de voie aérienne par un aérodrome qui est en terre.
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